元後歷代中央政府對西藏的管轄

十三世紀中葉西藏地方正式歸入元朝版圖後，中國雖然經歷了幾代王朝的興替，多次更換中央政權，但西藏一直處於中央政府的管轄之下。
明朝（1368-1644）
1368年明朝取代元朝統治中國後，取消了在中央政府設立宣政院作為專管西藏事務的機構，以及封贈西藏僧人為帝師的制度，建立了一套別具特色的僧官制度，其最高級別的僧官稱“法王”。法王和元朝帝師不同，不駐京，沒有管理全國教務的職權，也無固定領地，品級屬榮譽性質，雖有高低，但互不統轄，且都不管政務。法王之下的僧官封號為“王”，他們各有領地，分別統轄一定區域，但互不統屬，直接聽命於中央政府。
清朝（1644-1911）
1644年清朝取代明朝後，建立了一套嚴密的、行之有效的管理西藏的法規和制度，以確保對西藏地方行使主權具有法律、制度的保證，因而更加卓有成效。
第一，法定西藏的行政區域。清朝中央政府在劃分全國的行政區劃時，法定了西藏的行政區域，以法規的形式，劃定了西藏與毗鄰的雲南、四川、青海、新疆的行政區界。西藏（當時亦稱“衛藏”）的行政區域即相當於今西藏自治區的轄區。
第二，決定西藏的政治體制、行政管理體制、地方政權組織形式。清朝1793年頒發的《欽定西藏章程》和作為清朝行政法規彙編的《大清會典》明確規定：在西藏，達賴、班禪分管前、後藏的宗教和部分行政事務，互不統屬，而駐藏大臣則總攬全藏。第三，封贈西藏的宗教首領。西元1653年，清朝中央政府冊封五世達賴為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇恒喇達賴喇嘛”；西元1713年，冊封五世班禪為“班禪額爾德尼”。此後，曆輩達賴、 班禪必須經中央政府正式冊封才為合法，成為歷史定制。
第四，為了防止宗教首領以權謀私或膨脹勢力，清朝中央政府於西元1793年建立了金瓶掣簽制度，革除此前由達賴、班禪或大喇嘛自行決定繼承人選的弊病，改由在駐藏大臣監督主持下，經金瓶掣簽選定達賴、班禪或大喇嘛繼承人的候選對象，報經中央政府批准後，才為合法繼承人。這是清朝中央政府對西藏宗教加強行政管理的關鍵措施，也是對西藏行使完全主權的一種體現。